上海市儿童医院是我国第一家儿童专科医院。医院学科综合实力雄厚,拥有包括国家重点学科、国家临床重点专科在内的一批高质量的国家级和省部级学科,在儿童遗传学、儿童重症、儿童肾脏病、儿童内分泌、小儿泌尿外科、儿童功能神经康复、儿童喉气道狭窄诊治、全耳再造术、电子耳蜗植入术等诸多领域居国内领先地位。
医院专科诊疗技术特点鲜明,重症医学团队在ECMO、CRRT抢救技术方面居于国内领先地位;肾脏科开展生物制剂靶向治疗,在疑难及遗传肾脏病方面具有诊疗优势;普外科携手华山医院组建了“华山-儿童肝移植团队;内分泌科牵头制定了国内儿童性发育异常内分泌诊断与治疗共识;泌尿外科开展国内首例小儿泌尿外科机器人辅助腹腔镜手术,填补了国内小儿泌尿外科该项技术的空白;神经外科、骨科、儿童康复科组建的医疗团队率先在国内儿童功能神经康复领域开展了SDR手术,显著改善脑瘫儿童的下肢行走功能;消化科开展FMT肠道菌群移植并成功研制肠溶粪菌胶囊;耳鼻喉头颈外科开展喉气道狭窄诊治、全耳再造术、电子耳蜗植入术等新技术;心内科开展疑难射频治疗;心胸外科开展腋下小切口微创手术先心治疗。